La Clínica emplea máquinas de primer lavado y desinfección, cubetas desincrustantes de ultrasonidos, y autoclaves con selladora. Todos los instrumentos se esterilizan ensobrados antes de su uso. Las impresiones se esterilizan con los líquidos indicados por la empresa de esterilización. Las superficies son desinfectadas tras cada uno de los pacientes con espray desinfectantes. Todos los materiales fungibles son de un solo uso. 

Una vez al mes se introduce en un ciclo del autoclave un vial que contiene un medio de cultivo que posteriormente se incuba para descartar la posible presencia de bacterias y/o esporas en la cuba del autoclave. El resultado de este test de esporas es anotado en un cuaderno de seguimiento que es revisado por la Comunidad de Madrid periódicamente.